VASP安装详解 |
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VM16 + CentOS7 版 Linux 下安装 VASP6.1.2。 一、准备工作主要是各种所需软件的安装和上传 VASP 相关的安装包。 1 VM16 的安装虚拟机的安装,这里选用的是 VM16 版本,可以一并把 Linux 图形化界面安装上去。 双击一步一步往下安装,点击完成就行了,这里不再展示。 2 Linux 系统安装安装所用的 Linux 系统相关环境 2.1 Linux 镜像安装打开 VM16 点击创建新的虚拟机
安装成功,点击头像输入密码 123456,点击 Sign in,出现引导窗口,关闭即可。
安装 C/C++ 的环境,以及 vim 编辑器,执行一下三个命令(一行一个命令分布执行,前面加 # 号的不是命令,只是注释,不用执行,下面所有命令框都是这样的) # 安装C环境,出现[y/d/N],输入y yum install gcc # 安装C++环境,出现[y/N], 输入y yum install gcc-c++ # 安装vim编辑器 yum -y install vim*C 的环境安装图
MobaXterm 是个常用的远程连接 Linux 的工具,平常使用我们是不直接连 Linux 的,而是用远程连接工具进行操作。这里主要是用这个上传要安装的软件。 双击一步一步往下安装,点击完成就行了。 4 上传安装文件要上传的文件是标红的这四个
先找到 Linux 的 IP 地址,打开 Linux 系统,可能现在 Linux 系统处于锁屏状态,点下 Enter 键重新输入密码,右键点击选择 Open in Terminal,进入命令行窗口
打开 MobaXterm,点击 Session
将文件拖过去,等待上传文件
这是 VASP 运行所需要的的环境。需要去这个网站去下 Free Intel® Software Development Tools 相关软件,我们需要用到的是 Base ToolKit 和 HPC Toolkit。这里已经下好了,就是上面上传文件里的两个 .sh 结尾的文件。
进入 Linux 系统,命令行窗口,执行以下命令切换 root 用户的命令,然后回填密码 123456,同样是不显示,Enter 键之后,可以看到前面的标识符从 [yssy@localhost ~]$ 变成 [root@localhost yssy]#。 然后执行执行 sh 文件的命令。 # 切换root用户 su root # 执行 sh 文件 sudo sh ./l_BaseKit_p_2022.1.2.146_offline.sh
和上面安装很像,执行执行 sh 文件的命令。 sudo sh ./l_HPCKit_p_2022.1.2.117_offline.sh
两个环境都安装好了之后,要在 Linux 系统中配置他们的环境 使用以下命令进入该文件 vim ~/.bashrc
相关软件包可以在网上下载,刚开始上传的文件中有这个。 1 移动解压先使用以下命令,将此文件解压至/opt 目录中,得到解压后的文件 tar -xvf vasp.6.1.2.tar.gz -C /opt/
可以看到现在目录下有我们刚解压的文件 vasp.6.1.2_patched
先要把 vasp.6.1.2/arch/makefile.include.linux_intel 这个文件复制到 vasp.6.1.2 目 录下,并重新命名为 makefile.include。 执行一下命令 # 进入vasp.6.1.2 目录下 cd ./vasp.6.1.2/ # 将makefile.include.linux_intel文件移动到 vasp.6.1.2 目录下,别忘了后面的点 cp ../vasp.6.1.2/arch/makefile.include.linux_intel . # 将名字改一下 mv makefile.include.linux_intel makefile.include
要在 Linux 系统中配置环境 执行以下命令,打开文件 vim ~/.bashrc
按 Esc 键后,按 :wq 保存退出文件
使用率测试任务包测试一下,VASP 能否正常运行,这个文件刚开始上传的文件里面有, 使用以下命令(每一行一个命令)将文件解压,会看到 IN-short 和 IN-long,分别是一个耗时较短和一个耗时较长任务的 INCAR 文件。 # 这里的yssy不是死的,改成你设置的用户名,我的用户名是yssy,所以这里写yssy cd /home/yssy/ # 解压文件夹 tar -zxvf benchmark.Hg.tar.gz
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