随着网络药理学和人工智能的发展，了解小分子配体和大分子受体的识别、结合过程及相互作用机制越来越受到关注。当然分子对接有很多可以用的软件，比如开源的Autodock，Vina，也有收费的比如MOE，sybyl，DS等等。除了软件，还有一些在线分子对接工具，比如可以用于盲对接的CB-dock2，可以通过这个链接访问https://cadd.labshare.cn/cb-dock2/php/index.php，界面如下所示。

此外，这个网站还有很多其他的功能。

当然，重中之重，大家使用该在线工具在发文章的时候要注意引用原始文献Yang Liu, et al . CB-Dock2: improved protein-ligand blind docking by integrating cavity detection, docking and homologous template fitting. Nucleic Acids Research, 2022. Xiaocong Yang, et al . FitDock: protein-ligand docking by template fitting. Briefings In Bioinformatics, 2022。其实CB-dock2之前还有CB-dock版本，有兴趣的可以到网站上了解。

简单来说，CB-dock2的使用分为四步：1.点击上图页面中的Get started进入到对接工作界面；

2.上传蛋白受体和配体小分子的结构文件，服务器会对结构进行一定的预处理（比如说去掉受体结构文件中的水分子、杂原子等）；可以支持多种常见格式的小分子配体结构文件。

3.上传之后如果没有问题可以点击Search Cavities/Atuo Blind Docking。根据自己的目的，可以直接点击Auto Blind docking，提交对接任务。

4.对接结果分析与可视化。点击View result进入的结果页面本身集成了可视化功能，当然你也可以根据自己的分析目的结合Pymol、VMD、Chimera等等这些可视化软件进行其他分析。除了能够观看对接构象之外，计算机构还包括对接口袋的参数、打分结构，如果有模板的话也会显示参考模板，所以功能还是很强大的。可以看到搜索到了5个可能的结合口袋，口袋的几何参数也显示出来，CB-dock2的打分是基于Vina。点击View可以分析具体的作用结合机制。