FlowJo 是美国斯坦福大学 Leonard Herzenberg 实验室研发的一款流式数据分析软件，它可以对所有流式细胞仪产生的数据进行分析，在多种电脑操作系统上兼容性良好。

由于功能强大，简单易用，已经被生命科学领域内的科学家、实验室广泛使用；同时 FlowJo 也是各高影响力核心期刊最受欢迎的流式数据分析软件。

本文主要针对流式分析中常用的平均荧光强度 (MFI)，五个小步骤带你快速分析出 MFI。

打开 FloJo，显示工作台。

找到原始数据（fcs 格式文件）

Ctrl+A 将所有文件全选，鼠标将其直接拖到 All Samples 中，如图：

针对数据一进行分析

1、鼠标左键点击 fcs 格式数据出现流式散点图，X 轴默认选择 SSC（侧向散射，其散射强度与细胞内颗粒结构的质量正相关，即细胞内颗粒结构越复杂，质量越大，SSC 越大；反之越小）。

Y 轴默认选择 FSC（前向散射，该值与细胞的直径正相关，即细胞越大，FSC 越大；反之越小）。

2、圈门：根据实验目的选择合适的圈门工具（矩形门、十字门、椭圆门、多边形门）进行圈门，圈出需要进行分析的细胞后点 OK 确认。圈出的细胞默认为 Lymphocytes（当然也可以根据自己的需要重命名），下方的比例代表这群细胞占总细胞的百分比。

3、对圈出细胞进行分析，双击 Lymphocytes 选中这群细胞，根据实验目的、染料所需的荧光激发 / 发射波长选择合适的横纵坐标，完成后关闭处理界面回到软件主界面。

我选取的横坐标是 PE-A，纵坐标是 Histogram，点击横坐标边上的 T 可将横坐标数值改为 log 值，将其变为正值，得到下图。

4、添加 MFI：选择横坐标下方的Σ Statistion，点击下面的Σ+ 打开新界面，单击左边框的 Mean，选择想要分析的 PE-A，点击 Add 添加可以使其 MFI 在Σ Statistion 框中显示。

对其他数据进行批处理中

鼠标拖拽已处理文件到 All Samples 中，即可实现对其他数据的批量处理，简单高效。

数据导出

点 File 下方的 Save As 可导出到 Excel 表格，通过筛选等命令对数据快速处理，十分方便。

以上是本人对流式分析中常用到的 MFI 处理所了解的基本操作，希望对大家有所帮助。