Bowtie2自带了一些入门级的示例文件，这些示例文件并不具有科学含义，我们用λ噬菌体的参考基因组只是因为它很短，并且例子里面的reads是由一个电脑程序生成的而不是测序的结果。但是，这些文件能让你立即开始运行Bowtie2和下游的程序。

首先按照获取Bowtie2的指导下载它。设置Bowtie2环境变量BT2_HOME，把它指向含有bowtie2, bowtie2-build和bowtie2-inspect二进制文件的新Bowtie2的文件夹。这一步很重要，因为在下面的命令当中，变量BT2_HOME被用来代表那个文件夹的位置。

为了对Bowtie2内置的λ噬菌体的参考基因组建索引，先新建一个临时文件夹（建在哪里无所谓），进入那个文件夹，然后运行：

这条命令在结束前应该会打印很多行输出。当其运行完毕时，当前文件夹会产生4个新的文件，它们的文件名都以lambda_virus开始，分别以.1.bt2, .2.bt2, .3.bt2, .4.bt2, .rev.1.bt2和.rev.2.bt2结束。这些文件构成了索引——你完成了！

你可以使用bowtie2-build对一组任意来源的FASTA文件构建索引，包括像UCSC，NCBI，和Ensembl这些站点。当对多个FASTA文件建立索引时，你要在指定所有的文件，并用逗号隔开。更多关于如何用bowtie2-build建立索引的信息，请查看使用手册的建立索引部分。你可能也会直接获取一个已经建好的索引，从而绕过这一步。使用已建好的索引给出了例子。

在上一步创建的文件夹中，现在含有lambda_virus的索引文件。接下来，运行：

这个命令会运行Bowtie2的比对软件，它会使用上一步建立的索引，把一组非双端测序的reads比对到λ噬菌体的参考基因组上。这步比对的结果是SAM格式的，输出文件是eg1.sam，同时比对的总结会被输出到终端控制台。（事实上，总结是被写进了“standard error” 或 “stderr”，即标准错误句柄里面，通常它会被输出到终端。）

要查看SAM结果的前几行，运行：

你会看到类似于下面的东西：