常用的显著性阈值确定方法是： Bonferroni correction = 显著性水平（0.01/0.05）/检验次数（number of detected markers）

Bonferroni校正P值是最严格的多重检验校正方法，由于SNP实际上不全是独立事件，可以通过LD计算，得到有效SNP个数，即Me，可以降低Bonferroni校正的严格性。

GEC (Genetic Type I error calculator)是一个基于java的应用程序，用于解决具有依赖的单核苷酸多态性的多测试问题。GEC的功能包括：

官方说明书：http://pmglab.top/gec/data/archive/v1.0/UserManualV1.pdf

下载地址： http://pmglab.top/gec/#/download 1.0版本是在kggsee中实现的，没有独立的安装包，只有kggsee.jar一个。

--var-gec：主要功能函数 --nt：线程数 --filter-maf-le：滤除等位基因频率小于或等于某一标准 --vcf-ref：包含基因型的参考VCF文件 --out：输出文件的路径和前缀名称

查看log文件，共扫描了370562个SNP，保留下292493个Me。

此时的显著性阈值即为： Bonferroni correction = 显著性水平（0.01/0.05）/ Me

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