每次开展R语言线下学习班,都需要重新发几次:Windows电脑使用Rstudio会有多少错误呢 ,虽然大部分同学都是可以根据我们的教程顺利解决问题,但是不幸的人各有各的不幸。一般来说就是Windows电脑的中文用户名需要修改电脑系统的环境变量,R包下载等等。
但是今天有一个学员起初是下载R包无法联网,所以失败,根据我们的经验当然是options(download.file.method = ‘libcurl’)就轻轻松松解决啦,不过这次居然是仅仅是解决了R自带R包下载问题,使用BiocManager仍然是无法安装R包,如下所示:
当然就得根据关键词去搜索啦!
> BiocManager::install("KEGG.db",ask = F,update = F)
错误: Bioconductor version cannot be validated; no internet connection?
此外: Warning messages:
第一次搜索以为是http和https的问题
参考:https://stackoverflow.com/questions/33355444/r-when-trying-to-install-package-internetopenurl-failed
大概意思是让我修改镜像把所有的https都替换为http,步骤如下:
using regular http mirrors instead of https
update your CA certificate bundle to allow proper certificate validation
setting the default download method to “libcurl” and see if that helps: options(download.file.method=”libcurl”)
但是尝试了,失败!
第二次尝试以为是BiocManager的config文件
所以根据搜索结果使用:
config |