转录组上游分析教程 |
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转录组上游分析教程
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继续Linux基础的教程，该教程内容是安装生信分析软件。 1.8 生信软件的安装有root权限（可以使用yum或apt-get命令安装）  使用conda安装（推荐）        ## Conda常使用的镜像
# 下面这四行配置清华大学的bioconda的channel地址，国内用户推荐
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
# 中科大镜像源
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/menpo/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/
# 阿里镜像源
conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/
# 豆瓣镜像
conda config --add channels http://pypi.douban.com/simple/
#中国科学技术大学 USTC Mirror
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
 1.9 创建小环境进行分析 ## 创建环境
conda create -n env_name python=x.x
## 删除环境
conda remove -n env_name -all
## 激活
conda activate env_name
##
source activate env_name
## 关闭
conda deactivate
查看环境中的软件 # 查看指定环境下安装的package ## 查看指定环境下安装的package conda list -n env_name ## 安装指定环境下某个package conda install -n env_name [package] ## 删除指定环境下某个package conda remove -n env_name [package] ## 更新指定环境下某个package conda update -n env_name [package] 1.10 Conda安装软件 # 搜索你想要的软件版本
conda search hisat2
# 安装
conda install hisat2 (默认安装最新版本）
conda install hisat2 = 版本号
1.11 使用源码安装软件  1.12 Shell脚本的编写Shell是一个用 C 语言编写的程序，它是用户使用 Linux 的桥梁。Shell 既是一种命令语言，又是一种程序设计语言。Shell 是指一种应用程序，这个应用程序提供了一个界面，用户通过这个界面访问操作系统内核的服务。      以上是Linux服务器中常用到知识，但是，这仅仅只是凤毛麟角，我们不可能只是通过这简单的教程就能学懂。我们的学习时一个不断试错的过程，不断积累的过程，不断成长的过程！！！ 后面我们将正式开始本系列教程重要的内容。 小杜的生信筆記，主要发表或收录生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料!!都看到这里啦！！ 点个小星星再走呗！小杜在此感谢！ |
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