R包ggrepel解决散点图样品标签重叠，方便筛选样品 |
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R包ggrepel解决散点图样品标签重叠，方便筛选样品
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ggrepel解决标签之间重叠问题
简介
有时样本比较多，而我们想在图形中添加标签的时候，容易出现标签遮盖的问题。 尤其是在扩增子研究中，在相同基因型、环境条件宿主(温室植物、饲养动物)至少也需要6次以上生物学重复，如人类这种无法控制基因型和生活环境的研究对象，实验组至少30个起才容易发现有统计为意义的差异菌。 而在样品比较、样品筛选时又必须看清这些点名字，用于筛选掉一些记录错误、未报抗生素使用或隐性疾病等异常样品。ggplot2的辅助包ggrepel就是专门处理遮盖问题的专家。有了人类可读的可视化结果，在我们下游分析、样品筛选、异常样品鉴定更加方便高效。 ggrepel(https://github.com/slowkow/ggrepel)是发表在github上的开源包，使用之前是要先安装： 安装Rstudio中安装稳定版本： install.packages("ggrepel") # 如果在R中，需要选择源或指定源 install.packages("ggrepel", repo="http://cran.us.r-project.org")或者安装最新的开发版本： install.packages("devtools", repo="http://cran.us.r-project.org") library(devtools) devtools::install_github("slowkow/ggrepel") geom_text()添加样品标签我们先看看geom_text()添加标签时的效果 library(ggplot2) #使用系统数据集mtcars演示 ggplot(mtcars)+ geom_point(aes(wt, mpg), color="red")+ geom_text(aes(wt, mpg, label=rownames(mtcars)))+ theme_classic(base_size = 16)可以看到可视化效果不是很好。接下来看看包ggrepel的效果。 geom_text_repel()解决样品标签重叠geom_text_repel()是基于geom_text() library(ggrepel) set.seed(123) ggplot(mtcars)+ geom_point(aes(wt, mpg), color="red")+ geom_text_repel(aes(wt, mpg, label=rownames(mtcars)))+ theme_classic(base_size = 16)geom_label_repel()是基于geom_label(),它将标签置于一个小方框中 ggplot(mtcars)+ geom_point(aes(wt, mpg), color="grey", size=5)+ geom_label_repel(aes(wt, mpg, fill=factor(cyl), label=rownames(mtcars)))+ theme_classic(base_size = 16)点太小颜色不容易区分组，直接给标签上色是不是很容易区分样品和组，以及观察组内和组间的差异、筛选异常样品呢？ 基于扩增子分析PCoA实战数据测试数据和代码详见下文： 2散点图：Beta多样性，PCoA, CCA 我们在此基础上添加标签、错开标签，以及按标签着色筛选样品。 geom_text添加样品名 # 绘制主坐标准轴的第1，2轴 p = ggplot(points, aes(x=x, y=y, color=genotype)) + geom_point(alpha=.7, size=2) + labs(x=paste("PCoA 1 (", format(100 * eig[1] / sum(eig), digits=4), "%)", sep=""), y=paste("PCoA 2 (", format(100 * eig[2] / sum(eig), digits=4), "%)", sep=""), title="bray_curtis PCoA") p + geom_text(aes(x, y, label=rownames(points)))+ theme_classic()够乱吧，根本看不清。 geom_text_repel合理位置添加样品名 library(ggrepel) p + geom_text_repel(aes(x, y, label=rownames(points)))+ theme_classic()好多了吧！ geom_label_repel合理位置添加标签需要调整文字和点不上色，只按标签背景填充色，代码如下： ggplot(points, aes(x=x, y=y)) +geom_point(alpha=.7, size=2) + geom_label_repel(aes(x, y, fill=factor(genotype), label=rownames(points)))+ theme_classic()另一种上色方式，按标签背景分组上色，好像选择样品看容易，比点着色看的清楚。 现在可以一眼看到异常样品的位置了。如果还无法确定，可以结合PCA和hculst的聚类结果综合排除异常样品。想在此图中对分组进一步添加置信区间，方便显示组间是否有差异，以及定义圈外异常样品，将在过几天与大家分享。 Reference官方包下载和教程 https://github.com/slowkow/ggrepel 孙老湿画图系列第十一弹丨标签遮盖处理工具ggrepel http://baijiahao.baidu.com/s?id=1576516080050548076&wfr=spider&for=pc R语言可视化学习笔记之ggrepel包 https://mp.weixin.qq.com/s/ZKxzKZ4NBTcsJ6vFimxoGA?scene=25#wechat_redirect 猜你喜欢10000+：菌群分析 宝宝与猫狗 梅毒狂想曲 提DNA发Nature Cell专刊 肠道指挥大脑 系列教程：微生物组入门 Biostar 微生物组 宏基因组 专业技能：学术图表 高分文章 生信宝典 不可或缺的人 一文读懂：宏基因组 寄生虫益处 进化树 必备技能：提问 搜索 Endnote 文献阅读 热心肠 SemanticScholar Geenmedical 扩增子分析：图表解读 分析流程 统计绘图 16S功能预测 PICRUSt FAPROTAX Bugbase Tax4Fun 在线工具：16S预测培养基 生信绘图 科研经验：云笔记 云协作 公众号 编程模板: Shell R Perl 生物科普: 肠道细菌 人体上的生命 生命大跃进 细胞暗战 人体奥秘 写在后面为鼓励读者交流、快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”专业讨论群，目前己有国内外5000+ 一线科研人员加入。参与讨论，获得专业解答，欢迎分享此文至朋友圈，并扫码加主编好友带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职称/年级”。PI请明示身份，另有海内外微生物相关PI群供大佬合作交流。技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍末解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。 学习16S扩增子、宏基因组科研思路和分析实战，关注“宏基因组” |
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