杂交后的双色cDNA芯片经过激光扫描仪扫描，可以得到每一条探针的荧光强度的检测数据，这个数据也称为探针水平的数据。这些数据用于差异表达基因的筛选和基因表达过程的分析以前，还需要对数据进行预处理：将探针水平的数据（杂交水平）转换成基因表达数据。

例如：

1. 背景校正（background adjustment）：背景校正是数据预处理的第一步，序列上点的荧光强度是由背景荧光和标记DNA产生的荧光的叠加效果，所以为了得到基因真实的转录水平，应当减去背景荧光强度值。

2. 归一化（normalization）：系统误差（荧光标记物在标记效率上的差异，不同点样头之间的差异等）的存在使基因水平无法直接比较（无法确认差异来源是系统误差还是真实的样本之间的误差），所以必须对微阵列数据进行归一化。

3. PM探针值校正：Affymetrix阵列中由于使用多个探针对来测量基因的表达水平，需要把这些值合并为一个值，此时需要进行PM探针值校正。

4. 汇总：最后，将前面得到的荧光强度值从探针（probe）水平转换到探针组（probest）水平，这个过程被称为汇总（summarization）。

affy包是Affymetrix公司用于分析affy芯片的探针水平数据，并计算样本的基因表达数据的工具。对于实验得到的芯片扫描图像，首先进行图像分割、探针点定位等分析。每个探针的荧光强度测量数据以cel格式的文件形式保存，文件中包含每个探针集的原始强度。cdf文件：芯片描述文件（cdf文件），用于分析和注释数据。

affy包将针对探针水平数据的分析包括背景校正、数据归一化、PM校正和汇总探针集数据、计算基因表达数据等过程进行分装以方便用户使用。

R-Studio

setwd("G:/R2/BiomGeneData/GSE5788_RAW")

#使用前下载affy包，并加载

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")

biocLite("affy")

library(affy)

#在读入数据前先将数据放在工作目录下再直接读入

mydata