该方法在农杆菌侵染后不加筛选压的条件下进行植物再生，因此再生过程中会产生大量野生型植株。与pds突变体不一样，大多突变体在幼苗期没有可识别的表型，因此如何从众多的再生植株中鉴定出突变体是获得非转基因突变植株的关键之一。

　　李义教授团队应用高通量测序结合高分辨率熔解曲线分析（High Resolution Melting，HRM）的方法实现对突变植株的高效快速鉴定。他们将再生植株分为每42或84株一组的群体（待测群体），特异性扩增待测群体PDS基因上涵盖sgRNA序列的DNA片段，作为深度测序的母样品。同时用以野生型植物为模板扩增的DNA产物对母样品作7倍稀释，得到稀释后的子样品。然后将100%野生型、母样品和子样品同时进行高通量测序分析。图C可见，在含有41株野生型和一株pds-12突变体的母样品里，在AGATGAT等7个位点上，母样品的测序变异频率（红三角）相比100%的野生型（黑色圆点）显著提高。这说明这些位点可能有突变。但是，这些位点测序变异频率的增加也可能是由测序本身的误差造成的。此时，使用野生型DNA 7倍稀释得到的子样品的测序结果可用于鉴别突变的真实性。如果稀释后的子样品的这7个位点的测序变异频率（蓝色方块）与母样品一致，说明高变异率由测序误差造成。如果变异频率显著下降，则说明这7个位点确实存在突变。