浅谈富集分析的Pvalue |
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浅谈富集分析的Pvalue
引言
超几何分布
Python计算超几何分布
引言
今天给大家带来一个关于“撒币“的问题,说起”撒币“,最经典就是二项分布,也就是你拿起一枚硬币抛向空中,当它转体n个360°,最后华丽的落在地上,出现正面或者反面的概率。具体的一些计算公式各位可自行找度娘索要。 在这里,我们为什么要提这个超几何分布呢,这就要从我们的转录组差异基因的下游分析说起。在差异基因下游分析中,GO富集分析和KEGG分析是最常见的,其Pvalue计算都是基于超几何分布。 首先,我们来看超几何分布的计算公式: 目前python中Numpy的random包中提供了产生超几何分布结果的函数: numpy.random.hyermetric(ngood, nbad, nsample, size=None) 具体可见here ngood:做出好的选择的数量,也就是上面的含有该GO term的基因数目,即M nbad:做出坏的选择的数目,也就是上面的不含有该GO term的基因数目,即N-M nsample:取样的数目,也就是差异基因的数目,即n siz |
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