点击不同的ORF即可给出相应的氨基酸序列，也可以设置为显示DNA序列或者DNA和protein相互比较的序列形式，如下图标红框的部位。接下来的问题是，如何知道预测出来的氨基酸序列是否可靠呢？一般最长的氨基酸序列就是比较可靠了，也可以直接点击BLAST对得到的氨基酸序列进行blastp分析，看能否比对到已知的蛋白序列上。

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点评

NCBI的ORF Finder简单易用，结果的展现形式也很直观，还能直接对得到的氨基酸序列进行blastp分析，以验证ORF的可靠性。但缺点是不能进行批量处理，只能一个一个转录本序列进行分析，这对于手上握有大量数据的同学，就有点慢了，下面介绍一款可以批量进行ORF预测的软件。

2.getORF

getORF也是一款经典的用于分析转录本序列ORF的软件，属于EMBOSS软件包。百度搜索一下getORF，会出现多个条目，是不同的科研单位搭建的在线运行getORF的平台，都可以用，小编在这里推荐一个速度比较快的平台http://emboss.bioinformatics.nl/cgi-bin/emboss/getorf，界面如下：

getORF与ORF Finder最大的不同就是可以上传fasta格式存储的序列（不知道什么是fasta格式的同学请自行百度），这样就可以一次上传很多条转录本序列，批量进行处理。其它的设置与ORF Finder相同，可以设置ORF长度最大和最小的限制，也可以选择是否以ATG开头（Translation of regions between START and STOP codons），默认是不以ATG开头（Translation of regions between STOP codons）。

在高级设置里面还可以有多种设置，默认即可。输出的格式也可以有多种选择，还可以填写自己的email地址，会发送结果文件的链接到邮箱。最终的输出结果如下图，同一个转录本的不同ORF用后缀的数字表示（_1，_2…）。输出结果可以进行复制保存，然后提交到blastp进行分析。

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点评

getORF最大的优势是可以进行批量处理，预测得到的ORF也很多，但界面的呈现不如ORF Finder直观。返回搜狐，查看更多