实验专栏丨WB实验中蛋白浓度定量与上样体积的计算方法

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实验专栏丨WB实验中蛋白浓度定量与上样体积的计算方法

2024-07-09 09:35| 来源: 网络整理| 查看: 265

图1 96孔板加样后(原则上酶标板的板底是不能用手去触碰的,一般拿的是侧壁)

图2 酶标仪测出的OD值

原谅我96孔板位置放反了

,酶标仪这个图片大家旋转180°看,A-I是试剂盒中标准品各浓度的OD值,a-e是样品(组织抽提的上清液和试剂的混合液体),为避免误差影响需加3个复孔,这里我做示范列2个复孔。如果你所用的酶标仪可以加标曲,设置添加趋势线、公式和R²。如果只有上图这些数字,也不慌张,我们可以用神奇的EXCEL表格绘制标曲。

首先,先告诉大家为什么要制作标曲。试剂盒中提供了标准品,并按照不同的稀释比例有对应的浓度,A-I的浓度和OD值都是已知的,所以根据已知的数据可以得出A-I形成的趋势线公式,R²要为0.99,无限趋近于1。刚才所说的样品孔的颜色不能比A孔深,原因就在这里,这条趋势线的公式只适用于≥I孔和≤A孔区间范围内的所有OD值,这就是通过已知的标曲的趋势线公式,求未知的样品浓度。

接下来,教大家如何绘制趋势线得出公式:

1.用鼠标左键选中A-I的吸光度和浓度(只选数字),这里请注意,原则上讲,标准线需要三个复孔求平均值后拟合线性方程。

图3 标准品OD值和浓度

2.点插入图表,选中XY(散点图)中的第一个图

图4 插入xy散点图

3.选中生成的图表任意一个蓝点,点击右键,选中添加趋势线

图5 选择添加趋势线

4.勾选“线性”“显示公式”“显示R平方值”

图6 设置趋势线选项

5.然后就得到了这样一张图表,X轴是OD值,纵轴是浓度,图表的右上方是R²=0.9937,公式是可以用的,所以样品孔浓度就可以用这个公式计算。

图7 生成图表

接下来就可以用EXCEL表格计算蛋白浓度和上样体积了。

方法1

图8 根据不同浓度计算得出不同上样体积

图注:

1.平均值是复孔1和复孔2的总和除以2;

2.将算出的OD平均值(x)代入y=1196.1x-179.87,计算出样品孔的浓度(y);

3.如果在测OD值时,样品孔的OD值大于A孔的OD值,就说明样品孔的浓度偏大(不能代入公式计算浓度),需要成倍稀释后再次测OD值,直到测得的样品OD值在I-A范围之间,即可代入公式计算浓度。根据经验,4°离心后的上清液颜色如果偏黄,蛋白浓度一般很大,需要稀释,蛋清色的上清会比偏黄色的上清浓度略低,所以建议加到96孔板里的蛋白上清液最好稀释一定比例,避免返工。这一步适用于加了稀释液、浓度偏大的样品,在得出y的基础上乘以稀释倍数,得到蛋白的真正浓度;

4.因为标准品的浓度单位是ug/ml,而后面的上样体积单位为ul,所以换算成ug/ul;

5.上样时不单单是蛋白上清液,还要加入成比例的上样缓冲液,这里以5X上样缓冲液为例(4ul的蛋白上清配1ul的上样缓冲液,4:1的关系),所以这一步的上样浓度就变成:蛋白浓度(ug/ul)乘以0.8;

6.上样的总量是一定的,可以是30ug,也可以是50ug,这个值可以通过曝光后条带的颜色深浅来改变总量的多少。上样体积就是上样总量÷上样浓度,这样就算出来每组样品需要加多少ul的上样体积跑胶啦。还有一点要注意的是,如果样品的浓度很低,测出来的体积就会大,因为一个梳子孔最多能注入25ul,尽量不要超过20ul为好,否则跑出来效果不佳。

此方法的优点是计算简单、易懂,缺点是上样时需不断调枪,蛋白需求量大。

方法2

例如现在已经算出5组蛋白的浓度,如下图:

图9 已算出蛋白浓度的5组数据

这里所得出的浓度是蛋白的真正浓度(没有加入上样缓冲液),为了使5组样品浓度达到一致,需要加入不同体积的稀释液(用提蛋白的裂解试剂液),以达到等体积上样的目的。稀释的浓度必须是比5组蛋白浓度要更低的一个数值,这里最低是6.99ug/ul,所以我们选择统一稀释到5ug/ul,如果一个样制备100ul的体积,这个小离心管里的终浓度就为5ug/ul×100ul=500ug。总体积100ul包括:①样品(上清+稀释液)(80ul)②上样缓冲液(20ul),①中的上清体积=终浓度500ug÷对应蛋白浓度ug/ul,稀释液体积=80ul-上清体积。这样就算出来需要加多少蛋白上清和稀释液了。

图10 计算所需上清体积和稀释液体积

以这种方法制备的样品上样体积是一定的,可以统一为5ul、8ul、10ul、15ul等。此方法的优点是不用反复调枪,上样体积均匀一致,缺点是计算复杂,需要再次加入试剂。

以上是WB实验蛋白定量和计算上样体积常用的两种方法。整个实验过程,有些可以粗,有些必须细,实验结果的完美呈现,都是在一次次失败中总结出来的,失败并不可怕,而是上天又赋予你一次改进的机会,心里要时刻准备接受失败,耐心和毅力是陪伴你的实验伙伴,Good Luck!

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