Step2中选择"OFFICIAL_GENE_SYMBOL", Step3中选择"Gene list"。

点击提交列表，跳转界面。

点击“Gene_Ontology”进行GO分析(基因本体论)，也就是对基因进行功能注释，勾选GO分析的三个参数：BP（生物学过程），CC（细胞组分），MF（分子功能）。

点击BP后面的“Chart”。

然后点击“Download File”,下载GO分析BP的数据，跳转页面。

全选后粘贴，保存在一个txt文件里面，用EXCEL打开查看如下。

同样的方法下载GO分析的CC、MF数据，保存在TXT文档里面。

例如本帖选择基因功能富集数量最多五个(数量相等情况下根据P-Value值选择)做条形图，最简单的方法是使用EXCEL来做，准备一个EXCEL表格，将GO号和count数据放在表格里面。

选中新建的列表，点击插入-图表-条形图-堆积条形图。

点击确定，保存图片，即可得到在文献中很常见的条形图。

GO的分析已完成，接着找到“Pathways”,选择KEGG_PATHWAY。

同样点击 Chart。

点击其中一条通路的Term，查看通路图。

点击“Download File”，下载KEGG分析的数据，保存在TXT文档中，EXCEL打开如图。

根据富集基因数量制作一张堆积条形图。

下拉页面我们可以看到三个选项，点击中间的选项。

可以查看所有的GO和KEGG分析结果。

DAVID常用的第二个功能是基因ID转换，点击“Gene ID Conversion”。

例如本帖选择一列基因ID输入step1中。

其余步骤与前述相同。

在Option1中选择“OFFICIAL_GENE_SYMBOL”，点击提交。

跳转界面后，点击框内红色箭头。

最终，基因ID便转换为基因名称了，点击下载保存，基因转换率为100%，当然，当基因ID数量较多时候，可能转换率就达不到100%了。

宝贝评价

DAVID网站还是比较简单的，操作起来也不麻烦，但它的功能却是相当强大的，读过生信文献的小伙伴，应该不少看到DAVID的身影。但是这里吐槽一点~DAVID数据更新稍慢一点，其实也不影响我们的生信分析。

Metascape网站

今天为大家介绍的另一个强大的数据库是Metascape网站，它是如何强大的呢？第一，三步完成基因分析；第二，一次分析即可完成GO、KEGG和PPI；第三，数据更新快，覆盖广，整合了多个数据库的资源。

直奔官网去吧~(http://metascape.org/)。

界面介绍

界面介绍没有太多可说的，因为Metascape官网的界面十分简洁清晰，左侧的数据分析栏，右侧信息公告栏，右上角是网站提供的一些帮助文件和小工具(直接下拉查看吧)，页面下拉，有关于Metascape的视频介绍和Metascape引用的一些杂志的信息。

数据分析

傻瓜式的三步~

Step1:输入基因，有两种方式，本地文件导入或者粘贴gene list，右侧我们可以看到Metascape支持xls/xlsx，CSV，txt三种格式。

需要提醒一下，本地输入时候别忘记勾选“Multiple Gene List”选项了哦！

例如粘贴好100个差异基因，点击Submit。

Step2:选择物种，选择H.sapiens人类，可以看到Metascape数据库中还包含了其他物种的信息。

Step3:进行分析，选择“Express Analyze”或“Custom Analyze”都可以。

点击后跳转页面。

结果解读

首先看点击“Express Analyze”后的结果界面，对于分析结果，可以输出在EXCEL表格里面；图片可以显示在PPT模板中；也可以是一个压缩的文件夹。

Figure 1 : 功能富集分析的结果图

Table 1: TOP20的聚类分析表

Figure 2: 富集网络图，左侧是根据gene ID进行的聚类，右侧是根据P-Value进行的聚类，图片下方有保存的方式。

Figure 3 : PPI聚类功能模块分析图。

再看看点击“Custom Analyze”后的结果。

ID Conversion: 这是个gene ID的转换工具，哈哈，又学习了一种GENE ID转换的方法。Metascape支持gene ID、genesymbol的输入，在数据分析过程中，可以自动转换识别。

Annotation: 选择不同的功能注释条目后，点击Apply后进行查看。

Membership: 主要是针对用户自行搜索的一个栏目，比如输入pathway后，点击Search，再点击Apply。

Enrichment: 对于富集分析的参数及cut-off值可以进行更改设置，然后点击“Enrichment Analyze”进行分析，结果和点击“Express Analyze”后的结果是一致的。

宝贝评价

Metascape数据库用起来还是不错的，做基因功能注释丝毫不差于DAVID网站，最主要的是网站更新较快，操作简单。想做功能注释的小伙伴，赶紧行动起来吧！

End

排版：小丸子返回搜狐，查看更多