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题目：

转换与颠换（Transitions and Transversions）

Given: Two DNA strings s1 and s2 of equal length (at most 1 kbp).

所给：两条不超过1kb长的DNA序列s1和s2。

Return: The transition/transversion ratio R(s1,s2).

需得：转换与颠换频率的比值R(s1,s2)。

测试数据

>Rosalind_0209

GCAACGCACAACGAAAACCCTTAGGGACTGGATTATTTCGTGATCGTTGTAGTTATTGGA

AGTACGGGCATCAACCCAGTT

>Rosalind_2200

TTATCTGACAAAGAAAGCCGTCAACGGCTGGATAATTTCGCGATCGTGCTGGTTACTGGC

GGTACGAGTGTTCCTTTGGGT

测试输出

1.21428571429

生物学背景

        点突变包括两种类型：转换（transition）和颠换（transversion）。转换是嘌呤与嘌呤，或嘧啶与嘧啶之间的替换，即A与G，T与C之间的替换；颠换则是嘌呤与嘧啶之间的替换。简单来说，转换不改变碱基的种类，颠换会改变。如下图：

        因为颠换的改变更为剧烈，所以发生的频率更低。在基因组中，转换与颠换频率的比值约为2。在蛋白编码区，这个比值可以超过3，因为相对于颠换，转换不容易改变密码子编码的氨基酸。也因为这个原因，转换与颠换频率的比值可以帮我们鉴定蛋白编码区。

数学背景

        将序列发生转换与颠换的次数相比则得到所求比值。

思路

        本题思路很简单，只需比较两序列，记录转换和颠换的次数，相比即可。

代码

def readfasta(lines):     """读入fasta格式文件的函数"""     seq = []     index = []     seqplast = ""     numlines = 0     for i in lines:         if '>' in i:             index.append(i.replace("\n", "").replace(">", ""))             seq.append(seqplast.replace("\n", ""))             seqplast = ""             numlines += 1         else:             seqplast = seqplast + i.replace("\n", "")             numlines += 1         if numlines == len(lines):             seq.append(seqplast.replace("\n", ""))     seq = seq[1:]     return index, seq

f = open('rosalind_tran.txt', 'r') lines = f.readlines() f.close()

[index, seq] = readfasta(lines) s1 = seq[0] s2 = seq[1]

i = 0 ti = 0 # 记录转换 tv = 0 # 记录颠换 while i < len(s1):     if (s1[i] == 'A' and s2[i] == 'G') or (s1[i] == 'G' and s2[i] == 'A') or (s1[i] == 'C' and s2[i] == 'T') or (s1[i] == 'T' and s2[i] == 'C'):         ti = ti + 1     elif ((s1[i] == 'A' and s2[i] == 'T') or (s1[i] == 'A' and s2[i] == 'C') or (s1[i] == 'G' and s2[i] == 'T') or (s1[i] == 'G' and s2[i] == 'C') or         (s1[i] == 'C' and s2[i] == 'G') or (s1[i] == 'C' and s2[i] == 'A') or (s1[i] == 'T' and s2[i] == 'G') or (s1[i] == 'T' and s2[i] == 'A')):         tv = tv + 1     i += 1 per = ti / tv print(round(per, 11))