TwoSampleMR包实战教程之读取暴露文件 |
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在上期内容中,我和大家简单介绍的TwoSampleMR这个R包的主要功能和安装方法,今天我将为大家讲解使用该包进行孟德尔随机化研究的第一步------读取暴露文件。 在米老鼠的实践中,通常有两种读取暴露文件的方法: (1)第一种是直接使用TwoSampleMR包提供的MR base数据库提供的GWAS数据,这个方法要求网络状态良好; (2)第二种是使用自己的GWAS数据并将其读入到TwoSampleMR。 1. 使用TwoSampleMR获取MR base提供的数据 在使用这个方法之前,你首先需要知道这个暴露的ID号。这里我们以体质指数(body mass index,BMI)作为暴露,该暴露的ID是‘ieu-a-2’,以此获取它的相关数据。 代码语言:javascript复制library(TwoSampleMR) #加载R包 bmi |
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