怀孕50天的孕囊的大小应该在2-3cm左右，但由于每个女性的月经周期不一样，排卵时间上有所差异，所以会造成孕囊大小有区别性。

通常情况下，女性在怀孕50天的时候，孕囊的标准大小可能在2-3cm左右，怀孕7周左右孕囊的生长速度会比较快，一般可以通过孕囊大小能够推算孕产期等。但有的女性由于本身月经周期不准，会造成排卵时间延后，这样就会导致在检查的时候看到孕囊偏小一些，可能孕囊个头会低于2cm，只要检查结果正常，多数不会影响胎儿健康，不用担心，定期复查即可。